一、受理
          环保部门收到污染纠纷当事人的申请书后，应按以下原则在七日内做出明确答复。
    1、属本部门管辖并接受处理的，应通知申请人。
    2、不属本部门管辖的，将申请书移送到有管辖权的环保部门，并通知申请人。
    3、需要委托下级环保护部门处理的，将授权委托书与申请书同时发送下级环保部门，并通知申请人。
    4、不予受理的，向申请人说明理由。
二、调查
    1、负责处理的环保部门，必须由三人或者三人以上单数组成调查小组处理同流合污纠纷案件，并指定一人负责。
    2、调查人进行调查时，应出示证件，制作现场调查笔录，并由当事人签字。拒绝签字时，应在笔录中说明。
    3、对受害者提出索赔要求及提供的证据、理由进行查证，对致害者提出的辩解、反证要认真审查。
    4、需要进行数据监测和技术鉴定，应委托符合国家法定地位的监测单位承担，监测鉴定报告须有参加监测和鉴定人员签名并加盖单位印章。
三、拟定调解方案和初步处理方案
    在调查的基础上，拟定合理合法的调解方案和初步处理方案。在此阶段，应确定主持调解的人员，调解方法和技巧及调解重点等。
四、调解
    1、负责处理的环保部门在收到申请后，应尽快将申请书副本送达对方当事人。
    2、认真审阅有关调查资料，查明污染损害事实，分清责任和确定赔偿金额。
    3、召开调解会，环保部门主持，双方当事人及其他有关单位参加。
    4、双方当事人签定赔偿纠纷调节协议书一式三份，协议书由双方当事人及主持人签字并加盖公章。
    5、如果一方不愿调解，或经调解无达成妥协的可能，则宣告调解失败，单纯的环境行政调解至此终结。
五、处理
    在调解失败后，环境管理机关应分析失败的原因及双方分歧之所在，根据实际情况对原来拟定的初步处理方案理行调整，根据有关法律规定及纠纷的具体情况，确定最后处理方案，以分清纠纷双方的责任，并提出其他处理意见。制作处理决定书。当事人对处理结果不服的，可以在收到处理决定书之日起三个月内向人民法院起诉。
六、归档
    赔偿纠纷工作终结后，负责处理的环保部门应将全部材料整理归档。